Sicuramente dal 1568 al 1610 Incirano fu parrocchia insieme a Cassina Matta (ora Cassina Amata) e faceva parte della Pieve di Desio, come risulta dalla storia locale di Cassina Amata. Nel 1579 ci fu la visita pastorale di S. Carlo Borromeo, che istituì la confraternita del SS. Sacramento.
Considerando il pericolo che i parrocchiani di Cassina Amata dovevano affrontare per arrivare alla parrocchia, posta al di là del torrente Seveso, che non aveva ponti, nel 1610 il cardinale Federico Borromeo costituì in quella frazione la parrocchia, unendovi anche Cassina Nuova, che dipendeva da Dugnano. La parrocchia di Incirano fu soppressa e unita a Dugnano. Incirano fu chiesa dipendente da Dugnano per oltre due secoli, ma si deve credere che, quasi costantemente e con qualche certezza nell'800, abbia sempre avuto un sacerdote coadiutore, residente in parrocchia. È anche certo che le comunità delle parrocchie circostanti si recassero in pellegrinaggio al santuario per onorare la Madonna.
Nel 1939, essendo morto il parroco di Dugnano ed essendo impossibile al coadiutore sostenere il carico di due comunità, il cardinale Schuster inviò ad Incirano un padre oblato di Rho: padre Giuseppe Maganza.
Con decreto emanato il 16 Dicembre 1939, Incirano è proclamata parrocchia.
Il 23 aprile 1941 il cardinale Schuster consacrò la chiesa. In quell'occasione gli abitanti di Incirano, aiutati e sostenuti da padre Maganza, si prodigarono affinché la loro chiesa diventasse parrocchia, e, con grande e buona volontà, si impegnarono a raccogliere il patrimonio necessario al beneficio parrocchiale. Nel 1943 padre Maganza consegnò la nuova istituzione nelle mani del suo primo parroco: don Luigi Villa.
Occorre ricordare che costante fu la presenza e l'opera all'interno della parrocchia delle suore del Cottolengo. Risiedevano nell'asilo Cappellini, adiacente alla chiesa e fondato nel 1906: vi rimasero fino al 1984.
Nel 1959 don Paolo Colombo sostituì don Villa, morto nello stesso anno.
Nel 1962 durante le Missioni, i padri oblati di Rho musicarono una preghiera scritta sotto forma di poesia da don Luigi Villa e dedicata alla Madonna d'Incirano.
Don Colombo fu trasferito nella parrocchia di Dérgano nel 1963 e Incirano passò nelle mani di don Fausto Bigi. Egli fece restaurare la chiesa ed ampliare la casa parrocchiale.
Il 17 Settembre 1972 la parrocchia passava nelle mani di don Emilio Brenna. Il cardinale Colombo venne in visita pastorale nel Luglio 1977 e ritornò nel Gennaio 1978 per consacrare il nuovo altare e ammirare la chiesa completamente restaurata. Dopo la ristrutturazione del vecchio campanile, nell'Ottobre 1981 fu inaugurato il nuovo concerto di campane, consacrate nel Maggio precedente, in occasione della festa patronale.
Si è ricevuto poi la visita pastorale effettuata dal vicario episcopale, mons. Carcano, a nome dell'arcivescovo Carlo M. Martini, che è venuto a visitarla il 2 Marzo 1991.
Il 26 Maggio 1991, la nostra parrocchia ha festeggiato il 50° anniversario di fondazione.
Dal 2006 la Parrocchia di Incirano, assieme a quella di Dugnano, forma una Comunità Pastorale Unica Incirano-Dugnano.
Dal 9 novembre 2014, la Parrocchia di Incirano, assieme a quella di Dugnano e a quella di Calderara, forma la Comunità Pastorale beato Paolo VI.
Il 4 Ottobre del 1994 festa di "S. Francesco", il Parroco Don Emilio Brenna scrive ai parrocchiani: Carissimi, i nostri ragazzi ci interpellano "Quando vi decidete a darci un Oratorio?".
Dopo aver sentito le autorità comunali di Paderno Dugnano e quelle religiose della Curia, finalmente il 30 Novembre 1995, il Parroco può annunciare alla Comunità di Incirano che i disegni sono pronti: una prima versione di progetto viene accantonata dalla Curia.
Il progetto finale prevede un Centro Polivalente con tutti gli spazi necessari per la preghiera, la catechesi, la ricreazione e lo sport.
Tutto però dipende dal sostegno finanziario della Comunità di Incirano: con offerte mensili iniziate nel 1996 sino al termine del lavori, i fedeli con tanti, tanti sacrifici hanno contribuito al completamento dell’opera; contributi sono arrivati anche dalla "Fondazione Vismara".
La prima pietra è stata posta il 29 maggio 1999 e subito sono iniziati i lavori con commessa della ditta "Galimberti" di Paderno Dugnano. Il 28 gennaio 2001 il Vicario Mons. Barone ha inaugurato il "Centro" alla presenza delle Autorità Religiose e Civili, mentre il 28 giugno dello stesso anno il Cardinale Carlo Maria Martini ha celebrato la S. Messa nel salone sotto il Centro.
Il costo globale del "Centro Card. Colombo" è stato di circa due miliardi in lire.